O PPFC (Presidente Prudente Futebol Clube) fez sua estreia em torneios oficiais da FPF (Federação Paulista de Futebol) em 2006, após algumas participações e conquistas no cenário do futebol amador prudentino desde a fundação em 1989. Até aqui, a equipe já participou do Campeonato Paulista da Segunda Divisão seis vezes, mas nunca conseguiu avançar para a segunda fase da competição.
Em 2006, a equipe não teve um bom desempenho, e o máximo que conseguiu foi brigar para fugir da última posição do grupo. No ano seguinte, a equipe ficou com a quinta colocação do grupo 1, que teve oito integrantes.
Técnico diz que primeiro objetivo é passar à segunda fase do torneio
Após ficar de fora do campeonato em 2008 e 2009, a equipe ficou em sétimo no grupo 1 em 2010. Na oportunidade o grupo era composto por oito equipes. Novamente de fora da Segundona em 2011 e 2012, o clube voltou em 2013 e ficou no quinto e último lugar do grupo 2. A lanterna da chave também foi amargada pelo time em 2014, quando a equipe ficou na sexta posição.
Mais uma vez, a equipe não participou em 2015. Em 2016, após um começo de temporada mais promissor, a equipe não conseguiu dar sequência nas expectativas criadas e, novamente, terminou no último lugar da chave, a oitava colocação do grupo 1.
O treinador do PPFC, Marcelo Guimarães, afirma que, apesar de acreditar em um campeonato mais equilibrado em 2017, e do comprometimento e entrosamento da equipe, a ideia dele é traçar um objetivo por vez. "Vamos lutar, a ideia é subir. Mas, primeiramente, o objetivo é conseguir a vaga pela primeira vez à segunda fase. Subiremos de degrau em degrau", afirma o comandante tricolor.
